Mikhail Mishustin rất thích thể thao, tích cực chơi khúc côn cầu trên băng trong Giải khúc côn cầu ban đêm[19]. Vào năm 2019, cùng với đội của mình, anh đã được trao Cúp Gagarin - giải thưởng dành cho những người chiến thắng trong trận playoff của Liên đoàn Khúc côn cầu Lục địa[73]. Ông cũng là thành viên Ban giám sát của câu lạc bộ khúc côn cầu CSKA[74].

Ông có khả năng sáng tác ditties và epigram, chơi piano. Ông là tác giả phần âm nhạc cho hai ca khúc do Grigory Leps thể hiện - "A real woman" (2011) và "Ash" (2016)[75][76].

Ông đã kết hôn và có 3 con trai. Vợ - Vladlena Yurievna Mishustina[77], sinh ngày 2 tháng 1 năm 1976. Đồng sáng lập Câu lạc bộ Máy tính Quốc tế CJSC. Từ năm 2008 đến năm 2013, cô hoạt động với tư cách là một doanh nhân cá nhân. Hoạt động chủ yếu là hoạt động của các sàn nhảy, vũ trường, trường dạy múa. Cô là đồng sáng lập của DEKADANCE LLC (đóng cửa vào năm 2016). Theo kết quả năm 2014, Vladlena Mishustina lọt vào bảng xếp hạng những người vợ giàu nhất của các quan chức và đại biểu quốc hội Nga của Forbes, chiếm vị trí thứ 9 với thu nhập 160,1 triệu rúp[78].

Con trai cả Alexey (sinh ngày 7 tháng 7 năm 1999) học tại một trong những trường nội trú đắt nhất Thụy Sĩ Institut Le Rosey[79]; Từ năm 2018, anh đã theo học tại Đại học Kỹ thuật Quốc gia Moscow mang tên N.E. Bauman tại Khoa Khoa học Cơ bản với bằng Toán ứng dụng, ghi danh mà không cần thi đầu vào[80].

Con trai giữa Alexander (sinh năm 2000) cũng học tại Institut Le Rosey, từ năm 2019 theo học tại Đại học Kỹ thuật Quốc gia Moscow mang tên N.E. Bauman tại Khoa Kinh doanh và Quản lý Kỹ thuật[81].

Con trai út Mikhail (sinh ngày 26 tháng 5 năm 2009) học tại một trong những trường học ở Moscow, chơi ở vị trí tiền đạo trong đội khúc côn cầu Armada (Odintsovo)[82], chơi cờ trong câu lạc bộ cờ vua.

Em gái - Natalia Stenina (sinh ngày 27 tháng 5 năm 1970) đã kết hôn với doanh nhân Alexander Udodov, cuộc hôn nhân đã kết thúc vào ngày 18 tháng 12 năm 2020[83]. Udodov sở hữu công ty Mushroom Rainbow, nhà sản xuất nấm lớn nhất của Nga, một số trung tâm mua sắm ở Matxcova, một công ty hậu cần ở Đức, một khu nghỉ dưỡng Balneological ở Lãnh thổ Krasnodar, và một số doanh nghiệp khác. Alexander Udodov và chủ nhà hàng Arkady Novikov sở hữu nhà hàng Nedalny Vostok (đóng cửa vào đầu năm 2019). Năm 2007, Stenina và Udodov cùng nhau thành lập một quỹ từ thiện để hỗ trợ sự phát triển của giáo dục, thương mại và thể thao (PROMIS, giải thể năm 2014) và tổ chức công cộng khu vực Moscow Sportima Hockey Club, nơi các quan chức liên bang, các ngôi sao khúc côn cầu và doanh nhân, bao gồm cả Alexander Udodov. Theo BBC, Stenina sở hữu bất động sản trị giá 1 tỷ rúp. Theo FBK, Alexander sở hữu sáu căn hộ ở New York, đã được bán vào năm 2018.